В музее доступна экспозиция под открытым небом – территория Южного дворца древнего городища Неаполь Скифский. В музейном павильоне-башне открыта постоянная археологическая выставка, посвященная 100-летним археологическим исследованиям Неаполя Скифского. Из фондохранилища музея были отобраны лучшие находки с древней крепости, восстановлены детали интерьера дворцового мегарона, выставлена отреставрированная греческая эпитафия царю Арготу. Экспозиция дополнена редкими архивными фото послевоенных раскопок, историей создания музея и формирования его археологических коллекций.