Первый зал «Чуйский тракт – дорога тысячелетий» создает образ дороги в своем историческом развитии от вьючной тропы до современной туристической автомагистрали. Отражены следующие темы: Чуйский тракт - часть великого шелкового пути, торговый путь в Монголию, виды перевозок по Чуйскому тракту. Второй зал «Дочетвертичной палеонтологии», здесь представлены экспонаты, отражающие дочетвертичную историю развития Алтая. Третий зал «Природные зоны Чуйского тракта»  поделён на экспозиционные комплексы, которые отражают природные зоны, расположенные вдоль Чуйского тракта.  Также в зале расположены витрины с образцами минералогической коллекции музея. Четвертый зал «Мемориальный кабинет Виталия Бианки», здесь собраны личные вещи писателя, стенды, рассказывающие о его жизни и деятельности, и витрины с героями его произведений. Пятый зал «Изыскания и строительство Чуйского тракта», в экспозиции отражены история изысканий и строительства дороги в 30-е годы 20 века. Интерес посетителей вызывает нивелир, принадлежавший В.Я. Шишкову, стенд, рассказывающий об истории «Цаплинского моста» через Катунь, в районе п. Иня. Особый интерес вызывает часть экспозиции, связанная с тяжелым трудом заключенных ГУЛАГа на строительстве Чуйского тракта. Шестой зал «Автомобилизация Чуйского тракта» Зал посвящен шоферам, машинам, и предприятиям, которые работали на Чуйском тракте в разные годы. Здесь же вы можете увидеть оригинальный шоферский памятник Кольке Снегиреву.