Экспозиция музея построена таким образом, что каждый зал раскрывает определенную тему. Это «Жизнь и творчество М.П. Мусоргского», «Постановка опер М.П. Мусоргского», «Быт крестьян XIX века», «Зимний сад».

Изучая тему жизни и творчества композитора в «Столовой» дома-музея, гости познакомятся с историей рода Мусоргских и узнают, как прошло детство Модеста в «девичьей» комнате. Затем в интерьерном уголке «Комната матери» посетители раскроют для себя тему учебы М.П. Мусоргского в Петербурге.

В «Малой гостиной» гости узнают о петербургских музыкальных знакомствах М.П. Мусоргского. «Музыкальная гостиная» представляет собой условный интерьер Петербургской гостиной, где собирались композиторы «Могучей кучки» и их окружение. «Белая зала» — самая красивая и нарядная комната, где собирались гости, проходили балы и семейные торжества. В «Кабинете» экскурсанты познакомятся с историей создания опер М.П. Мусоргского «Борис Годунов» и «Хованщина».

Экспозиция «Постановка опер М.П. Мусоргского» открылась в 1989 г. и была размещена во флигеле. Она посвящена темам всемирного признания композитора и его творческому наследию. В экспозиции «Зимний сад» размещаются редкие тропические растения. Сама постройка оранжереи относится к началу XIX века, она была действующей при жизни М.П. Мусоргского, здесь выращивали овощи и фрукты. Экспозиция «Быт крестьян XIX века» размещена в здании людской и познакомит гостей с народным бытом и традиционными ремеслами.