В 1981 году, в соответствии с Постановлением Совета Министров РСФСР № 344 «О мерах по сохранению и использованию памятников истории и культуры г. Таганрога Ростовской области», Таганрогский краеведческий музей и литературный музей А.П. Чехова были преобразованы в Таганрогский государственный литературный и историко-архитектурный музей-заповедник

Впервые в практике музейного дела РФ, в масштабах города осуществилась централизация управления и планирования, единая система учета, хранения, научного комплектования и изучения фондовых коллекций, единая финансовая и хозяйственная деятельность. К началу 2000-х годов в Таганроге сложилось крупное музейное объединение.

Структура музея-заповедника соответствует профильным направлениям существующих и будущих экспозиций. Литературная часть объединяет собственно Литературный музей А.П. Чехова, мемориальные отделы – «Домик Чехова» и «Лавка Чеховых», музей И.Д. Василенко, а также весь комплекс чеховских памятных мест в городе. Историческая часть – это Историко-краеведческий музей (Дворец Алфераки), музей А.А. Дурова, музей «Градостроительство и быт г. Таганрога».