В настоящее время собрание музея включает коллекции русского изобразительного искусства конца XIX – начала XX вв., современного искусства Сибири, национального искусства народов Севера, археологические коллекции III–XV вв., коллекцию иронической искусства (графика, фотография и скульптура).

За годы своего существования музей воплотил в жизнь значительное число ярких художественных проектов, благодаря которым стал известен не только в городе, округе и в России, но и за рубежом. Среди наиболее успешных проектов музея – выставки: «Огниво Одина? История одного предмета», «Видевшие лицо Тарн», «Открытое хранение. СреднеОБЬе в бронзе и металле. IX–XIV вв.», Международный форум визуального юмора Карикатурум, фотопроект «ОБИтатели», «Возвращение в ЯХ» и многие другие.