Хронологически экспозиция музея начинается с 22 июня 1941 года и завершается диорамой «Стена Рейхстага». Общий фонд музея включает более 14 500 единиц хранения. В их число входят коллекция холодного оружия, личные вещи участников войны, боевые награды, трофеи, фронтовые дневники и письма и многое другое. Особый интерес представляет коллекция фотографий, отражающих жизнь Башкортостана – тылового района.

Военно-историческая экспозиция размещается по периметру всего здания: вооружение, обмундирование, документы, личные вещи советских бойцов и трофейные материалы, отображено партизанское движение на оккупированных территориях, эвакуация предприятий, работа тыла. 

В экспозиции музея представлены диорамы: «Проводы на фронт», «На страже Московского неба», «Бой у деревни Паньшино», «Блиндаж», «Стена Рейхстага», «Воины-интернационалисты Башкортостана».