«Музей истории Томска» – один из самых молодых музеев города, официально учреждение было зарегистрировано 30 июля 1993 года. Местом размещения музея является историческое пространство, обладающее особой атмосферой – это оконечность южного мыса Воскресенской горы, где в 1604 году русскими служилыми людьми был отстроен первый русский город-крепость на Томи. Здание, в котором расположен музей, также имеет уникальную историю: до революции 1917 г. в нем находилась 3-я Воскресенская полицейская частная управа, на её крыше возвышалась деревянная пожарная каланча. Рядом со зданием музея возведена полномасштабная реконструкция «Спасской башни» XVII в, а вдоль восточной и южной кромки мыса Воскресенской горы выстроена ограда, стилизованная под бревенчатый частокол.

Культурно-просветительная деятельность музея истории Томска нацелена на повышение качества и уровня доступности культурно-исторического наследия для жителей и гостей города Томска. В основе деятельности учреждения лежит понятие «исторический город», его задачами являются изучение и презентация истории Томска XVII–XX вв. Приоритетные направления работы музея: сбор, хранение, изучение и показ музейных предметов, проведение постоянных и временных выставок, экскурсий по музею и по городу, а также просветительская деятельность – музей круглогодично проводит тематические занятия со детьми разного возраста по изучению истории родного города и края.