В экспозиции представлено около 500 предметов. В «Город игрушек» ведут тематические ворота. Каждый экспозиционный комплекс устроен как своего рода «дом», в котором живут игрушки того или иного периода, типа, тематики: «Игрушка народов мира», «Театральная кукла», «От солдатских сапог до генеральских», «Игры и головоломки», «Из чего сделаны девочки», «Новогодняя елка», «Вертепы и щелкунчики» и др. Все эти «дома»-витрины наполнены жизнью, в каждом разыгрывается свой экспозиционный сценарий. Персонажи-игрушки участвуют в жанровых и ролевых сценках. Игрушки выстраиваются в хронологические ряды: например, от деревянного самодельного оружия к современному. 

Экспозиция выстроена таким образом, что сами игрушки «рассказывают» свои биографии. В экспозиции часть витрин снабжена специально выделенным аудиомодулем. Вся инфографика, этикетки и тексты в музее рассчитаны на то, что они будут интересны детям. Так, вместо привычного вводного текста на входе в экспозицию размещены инфографические панно (с экспонатами), посвященные любимым игрушкам детей разного времени. Значимая особенность экспозиции – ее новгородский колорит. Витрины снабжены навершиями, отсылающими к знаковым архитектурным реалиям Новгорода, Старой Руссы, Боровичей: Кремль, вокзал, Дом пионеров, магазин игрушек и т.д. Отдельная витрина посвящена игрушкам в Древнем Новгороде.