Музей был открыт 1 июня 1998 года. Инициатива создания городского историко-краеведческого музея принадлежала Совету ветеранов войны, труда и Вооруженных сил и Администрации города Кумертау.

Городской музей объединил ведомственные музеи промышленных предприятий: Кумертауского авиационно - промышленного предприятия», производственного объединения «Башкируголь», АООТ «Искра», ТЭЦ.

За годы функционирования музей стал не только центром хранения историко-культурного наследия, но и культурно-досуговым, образовательным центром нашего города.

За 2019-2020 гг. в ходе реэкспозиционных работ произошло полное обновление всех музейных экспозиций, приобретены новые чучела животных для зала природы, установлены информационные стенды из современных композитных пожаробезопасных материалов, в залах установлены современные витрины с подсветкой. Расширение площадей для увеличения информационной площади произошло за счет применение раздвижных систем из композитных материалов. Изменена форма подачи музейного материала, задействовано все пространство: стены, потолок, окна, в залах «Природа» и «Великая Отечественная война» залиты современные наливные полы с нанесением 3D – изображения.

Кумертауский музей познакомит с историей города в целом.