В здании располагается несколько масштабных экспозиций и временных выставок. Гордостью музея является экспозиция «Русская икона XI – XIX вв.», где раскрыта эволюция новгородской иконописи начиная XI века по наше время. Возвышенность образов, идеальные композиции, уникальный колорит заставят любоваться иконами не отрываясь и возвращаться к ним раз за разом. Выставка, посвященная истории земли Новгородской, предлагает изучить редкие археологические артефакты: изделия ремесленников, свинцовые печати, воинское снаряжение, подлинные грамоты из бересты, церы и писала, детские игрушки. Выставлены фрагменты подлинных деревянных мостовых, которые старше мостовых Лондона и Парижа. Отдельная экспозиция посвящена нумизматике – одному из самых больших в России собраний древних денежных знаков. Представлена история земли Новгородской во время Великой Отечественной войны.