Естественно-научный музей входит в пятерку крупнейших геолого-минералогических музеев России и имеет в экспозиции одну из крупнейших биологических диорам страны. Экспозиции музея доступны для посетителей с 1990 г.  Здание музея вмещает шесть экспозиционных залов. В экспозициях представлены геолого-минералогические коллекции Ильменских и Вишневых гор, щелочных массивов Кольского полуострова, систематическая коллекция минералов. На верхнем этаже музея размещается Биологический зал им. С. Л. Ушкова, где представлен животный и растительный мир Южного Урала. Фонд музея насчитывает около 30 тыс. единиц хранения, выставляется 9 тыс. экспонатов. Музей является крупным региональным центром просвещения в области естественных наук, ежегодно принимая до 50 тыс. посетителей.