Ядром архитектурного ансамбля Ферапонтова монастыря является собор Рождества Богородицы – первая каменная постройка Белозерья и монастыря, представляющая первоклассный образец оригинальной ростовской архитектуры, сохранивший черты раннемосковских каменных построек. Его объем, поставленный на высоком подклете,  завершается тремя ярусами кокошников и небольшим изящным барабаном. Фасады вверху орнаментированы поясами из балясин и керамических плит с растительным орнаментом, внизу – поясом с тератологическим (звериным) и растительным орнаментом, являющимся реминисценцией резьбы по белому камню владимирского зодчества. Три перспективных портала вытесаны из белого известняка.

Внутри собор разделен четырьмя квадратными столпами на три нефа с повышенными арками под барабаном. Роспись, состоящая из 300 композиций занимает все поверхности стен, сводов, столпов, софитов окон и дверей. Наружная роспись собора располагается в центральной части западной стены и в нижней части южной над захоронением преподобного Мартиниана.