Историческая экспозиция включает в себя музейные предметы, документы и фотографии, которые иллюстрируют развитие края с древнейших времен. Эти материалы были получены в ходе археологических и этнографических экспедиций музея, а также в дар от жителей региона. Экспозиция выстроена в хронологическом порядке, начиная с самых древних эпох. Отдельные ее комплексы посвящены наиболее важным событиям и явлениям истории Курганской области: освоение края человеком каменного века, материальная культура и мировоззрение древних людей, первые русские поселения, мир зауральской деревни, промыслы и ремесла, железная дорога и промышленное развитие территории. Отдельный комплекс составляют экспонаты, связанные с Великой Отечественной войной.

В зале природы экспозиция посвящена природным сообществам Курганской области и населяющим их животным. Одни из самых характерных и запоминающихся обитателей края находятся в диораме «Времена года»: сибирские косули, заяц-беляк, глухари, рыси, кабан. Каждая последующая часть экспозиции раскрывает определенный, типичный для региона ландшафт и знакомит с животными мелколиственных колочных лесов, сосновых боров, степных участков, лугов, рек и озер. Особое внимание уделено проблеме охраны зауральской природы. В экспозиции представлены птицы и животные, занесенные в Красную книгу: русская выхухоль, кудрявый пеликан, савка, орлан-белохвост, ходулочник, серый сорокопут и другие.