Это уникальные археологические коллекции, эталонные образцы флоры и фауны, предметы российско-китайской торговли XVIII – XIX вв И одними из интереснейших коллекций музея, отражающих историю города, края, страны, несомненно, можно считать фонд «Документы и фотодокументы» состоящий из около 5000 документов и фотографий и Редкий книжный фонд (РКФ) – гордость музея, книжное собрание, включающее более 30 тысяч книг и карт.

Музей активно развивает туристическое направление в своей деятельности, организовывая экскурсионные туры не только в г.Кяхта, Кяхтинский район, но и в другие интересные, исторические места Бурятии.