Экспозиция музея состоит из 13 стационарных залов и 5 залов сменных выставок.

Экспозиция отдела природы знакомит с палеонтологическим прошлым, геологическим строением, полезными ископаемыми, водными ресурсами, флорой и фауной Алексинского района.

В отделе истории, в разделе, посвящённом археологическому прошлому края, экспонируются предметы труда и быта людей, населявших территорию Алексинского района в каменном, бронзовом и железном веке, представлены экспонаты, отражающие жизнь и быт древнеславянского племени вятичей. Отдельный раздел посвящён истории Алексина 14-17 вв., когда он играл важнейшую роль в защите границ Московского государства.

На втором этаже размещаются экспозиции, рассказывающие об Алексине 18 – начала 20 вв.  как купеческом городе.

В отделе современной истории отражена экономическая и культурная жизнь города в Советский период. В разделе «Алексин  в годы Великой Отечественной войны» рассказывается о подвигах алексинцев в годы Великой Отечественной войны и событиях в городе и районе в ноябре-декабре 1941 года, когда Алексин был оккупирован немецко-фашистскими войсками.

В залах, сохранивших архитектурное убранство, воссоздан интерьер парадных купеческих спальни и гостиной, в которых представлен быт и нравы богатого провинциального купечества.

 Основу художественной коллекции музея составляют работы алексинских художников. С начала 90-х годов 20 века, благодаря сотрудничеству с ГМВЦ «РОСИЗО», музейное собрание пополняется произведениями живописи, графики, скульптуры, декоративно-прикладного творчества современных авторов.

Музейно-выставочный отдел экспонирует работы не только местных художников, чьи жизнь и  творчество связаны с Алексинским краем, но и известных современных тульских, калужских и московских мастеров живописи: Г. Доленджашвили, Э. Бернштейна, В. Конева, Ю. Новикова, И. Щербино, В.Герасимова  и других.

C 2007 года в Алексинском музее оформлена экспозиция «Музей истории почты» – единственная в Тульской области.  Его экспозиции, рассказывают об эволюции почтовой связи от средневековых гонцов до современных средств связи,  об истории письма, марки, почтового ящика и штемпеля. С разными возрастными категориями работает отдел музейной педагогики.

Помимо активной (более 70 выставок ежегодно) экспозиционно-выставочной деятельности музей проводит большую культурно-просветительскую работу. Ежегодно в стенах музея проводятся литературно-поэтические и музыкальные вечера, театрализованные представления, творческие конкурсы, познавательные викторины, фольклорные праздники, презентации выставок, научные мероприятия, встречи ветеранов и другие мероприятия.

Вся деятельность коллектива Алексинского художественно-краеведческого музея направлена на достижение любви и признательности городского сообщества к музею, как к культурно-коммуникационному и образовательному центру города.