Экспозиция «Из глубины веков» состоит из нескольких разделов: палеонтология, археология, этнография, история города. Каждый раздел наполнен очень редкими экспонатами. Выставка рассказывает историю земли, на которой стоит город Нягань, с пермского периода (например, в палеонтологическом разделе выставлены окаменелые останки морских обитателей, найденные на территории города) и до нынешних дней (дополнительно – фотоархив «История г. Нягани»). Отдельного упоминания заслуживают макет «Сибирской Трои» – Эмдера, столицы Эмдерского княжества, и макет Свято-Троицкой церкви Кодского монастыря – миссионерского центра Сибири.