Постоянная экспозиция Зеленоградского краеведческого музея располагается в пяти выставочных залах:

Зал №1. Археологическая экспозиция представлена тремя постоянно действующими выставками: «Эпоха римского влияния» (I-IV вв. н.э.), «Великое переселение народов» (IV-VII вв. н.э.), «Пруссы–сембы эпохи викингов» (IX-XI вв.). Эпоха Средневековья: «Под властью ордена» (XIII - XVI вв.).

Зал №2 постоянно действующая выставка - историческая реконструкция «Жители древнего Каупа».

Зал №3 постоянно действующая выставка «История Нового времени: «От трактира «Кранц-круг» до рыбацких поселений» - экспонаты, рассказывающие о почтовом тракте, трактире, традициях рыболовства и быте жителей рыбацкой деревни Кранц.

Зал №4 постоянно действующая выставка «Королевский курорт на балтийском побережье» (XIX – начало XX века). Дополнена постоянно действующей инсталляцией «Русские в Кранце».

Зал №5 представлен комплексом  постоянно действующих выставок: История Новейшего времени: «Бои на подступах к Кранцу», «Земландская операция» (1945 год), «Фронтовым медикам посвящается». Экспозиция дополнена макетом «Бой на подступах к Кранцу 4 февраля 1945 года» и постоянно действующей выставкой «Окопный быт».

Послевоенный период образования и становления Калининградской области представлен постоянно действующими выставками: «Земля, оплаченная кровью», «Из глубин России к балтийским берегам». Дополняют экспозицию выставки «Уголок советского служащего» и «Уголок отдыха», отражающие идеологическую составляющую жизни и быта советских граждан.