Музей расположен в центре города, в старинном 2-этажном здании. В нем 9 выставочных залов с экспозициями и временными выставками. В новой экспозиции на тему природы края – 45 чучел местных животных и птиц, гербарии, карты, образцы полезных ископаемых. На мониторах – красивые картины природы района. Посетителям предлагают «поймать» и назвать рыбу, вспомнить съедобные и несъедобные ягоды и грибы, ответить на занимательные вопросы о растениях и животных края.

Зал I этажа рассказывает о занятиях крестьян Шенкурского уезда ХIХ– начала ХХ века: земледелии, смолокурении, ямщицком, кузнечном, столярном, кожевенном деле. Выставлены крестьянские орудия труда, посуда, ткани, мебель, макеты деревенской избы и мельницы.

Следующий зал посвящен истории г. Шенкурска. В центре – фотопанорама города в начале ХХ века. Рядом – макеты храмов, куранты из монастырской церкви, фотографии горожан, старинная мебель, посуда.

На втором этаже – выставка «Кладовая памяти» – о 100-летней истории музея. Здесь уникальные экспонаты разных лет: дорожный сундук XVII века, венец-почелок 1828 г., реконструкция девичьего свадебного костюма Шенкурского уезда.

В залах Великой Отечественной и Гражданской войн – оружие, фотографии, документы, вещи участников событий. В выставочном зале 2-го этажа – работы детей школы народных ремесел из г. Архангельска