В Симоновском корпусе находится одна из центральных экспозиций музея-заповедника – «Природа и история Вологодского края». Восемь залов отдела природы позволяют посетителям совершить путешествие по Вологодчине. Красочные и реалистичные диорамы и биогруппы рассказывают о многообразии растительного и животного мира, о редких и исчезающих видах флоры и фауны. Интерактивным дополнением к экспозиции служат голоса птиц и зверей, тактильный стенд.

Вторая часть знакомит со значимыми памятниками материальной и духовной культуры, которые раскрывают историю края с древнейших времен до начала XX века. В исторических залах находятся археологические материалы каменного века и средневековья, изделия ремесленников и памятники, рассказывающие об экономических, политических и культурных событиях разных эпох.

Выставка «Город. Человек. Война» рассказывает о подвигах вологжан на фронте и в тылу. Как они работали и учились, как всеми силами старались приблизить победу в Великой Отечественной войне! Выставка была подготовлена отделом истории в 2020 году к 75-летию со Дня Победы.