В Подклете Трапезной палаты находится экспозиция «Древности Белозерья». Это первая полноценная экспозиция по археологии Белозерского края в Вологодской области. Она знакомит с историей Белозерского края по материалам археологических раскопок. Впервые на Вологодчине показаны материалы монастырской археологии. Всего представлено более 4 000 археологических предметов различных хронологических периодов: от мезолита (IX тыс. до н.э.) до позднего средневековья. Наиболее полно показан период средневековья. Среди экспонатов есть уникальные произведения древнего искусства, единственные не только в собрании музея, но и в археологических коллекциях других музеев России.

С 1 октября по 30 апреля выходной - понедельник.