Хронологически экспозиция музея начинается с 22 июня 1941 года и завершается диорамой «Стена Рейхстага». Общий фонд музея включает более 14500 единиц хранения. Военно-историческая экспозиция размещается по периметру всего здания: вооружение, обмундирование, документы, личные вещи советских бойцов и трофейные материалы, отображено партизанское движение на оккупированных территориях, эвакуация предприятий, работа тыла.

В экспозиции музея представлены диорамы: «Проводы на фронт», «На страже Московского неба», «Бой у деревни Паньшино», «Блиндаж», «Стена Рейхстага», «Воины-интернационалисты Башкортостана».

В рамках реализации программы «Доступная среда» в музее созданы мультимедийная игровая зона и тактильная экспозиция «Прикоснись к истории» для слабовидящих и незрячих людей.

Для самостоятельного изучения экспозиции музея представлен мультимедийный комплекс Виртуальный гид, рассказывающий об истории Башкортостана в годы Великой Отечественной войны, о вкладе республики в Победу и о героях-уроженцах Башкортостана.

Два мультимедиа-гида цифровой платформы «Артефакт» в формате дополненной реальности предоставляют посетителям информацию по экспозициям «Башкортостан в годы Великой Отечественной войны» и «Воины-интернационалисты Башкортостана».