Постоянная экспозиция открылась в новом здании в 2009 г. Здесь представлены результаты исследований Танаиса по этапам его исторического развития в различные хронологические периоды. По структуре она заметно отличается от прежней, существовавшей с 1983 по 2008 гг. В экспозиции появилось значительное количество новых предметов из  раскопок 1990-2000-х гг., прибавился ряд находок предшествующих десятилетий, которые раньше не могли быть показаны из-за недостатка пространства в залах старого музейного здания.